Ակադեմիայի կառավարումն իրականացնում է Ակադեմիայի կառավարման խորհուրդը՝ «Արդարադատության ակադեմիայի մասին ՀՀ օրենքով նախատեսված կարգով։
Խորհուրդը բաղկացած է 13 անդամից, որի կազմում են`
- արդարադատության նախարարը կամ նրա նշանակմամբ՝ իր տեղակալը,
- երեք դատավոր, որոնց նշանակում է ՀՀ դատավորների ընդհանուր ժողովը՝ քաղաքացիական, քրեական և վարչական մասնագիտացմամբ դատավորների ներկայացվածությամբ,
- ՀՀ հակակոռուպցիոն կոմիտեի երեք ինքնավար պաշտոն զբաղեցնող անձ, որոնց նշանակում է ՀՀ հակակոռուպցիոն կոմիտեի նախագահը,
- ՀՀ քննչական կոմիտեի երեք ինքնավար պաշտոն զբաղեցնող անձ, որոնց նշանակում է ՀՀ քննչական կոմիտեի նախագահը,
- երեք դատախազ, որոնց նշանակում է ՀՀ գլխավոր դատախազը:
Խորհրդի անդամները, բացառությամբ արդարադատության նախարարի կամ նրա նշանակմամբ՝ իր տեղակալի, նշանակվում են չորս տարի ժամկետով: Եթե Խորհրդի դատավոր, դատախազ անդամի, հակակոռուպցիոն կոմիտեի կամ քննչական կոմիտեի ինքնավար պաշտոն զբաղեցնող անձանց լիազորությունները վաղաժամկետ դադարում են, ապա նոր անդամը նշանակվում է նախկին անդամի լիազորությունների ժամկետի ավարտին մնացած ժամկետով։
Խորհրդի դատավոր, դատախազ անդամը, հակակոռուպցիոն կոմիտեի կամ քննչական կոմիտեի ինքնավար պաշտոն զբաղեցնող անձինք չեն կարող ավելի քան երկու անգամ անընդմեջ նշանակվել Խորհրդի անդամ:
Խորհրդի նախագահն ընտրվում է Խորհրդի կազմից` նրա անդամների ձայների մեծամասնությամբ, գաղտնի քվեարկությամբ, դատավոր, դատախազ անդամի, հակակոռուպցիոն կոմիտեի կամ քննչական կոմիտեի ինքնավար պաշտոն զբաղեցնող անձանց միջև ռոտացիոն կարգով: Արդարադատության նախարարը (նրա նշանակմամբ՝ իր տեղակալը) չի կարող ընտրվել Խորհրդի նախագահ։
Խորհրդի նախագահն ընտրվում է մեկ տարի ժամկետով, իսկ եթե նրա` որպես Խորհրդի անդամի լիազորությունների ժամկետի ավարտին մնացել է մեկ տարուց պակաս, ապա այդ ժամկետով։
Խորհրդի անդամներն իրենց պարտականությունները կատարում են հասարակական հիմունքներով։